Согласно ст. 616 «Обязанности сторон по содержанию арендованного имущества» ГК РФ нарушение арендодателем обязанности по производству капитального ремонта дает арендатору право по своему выбору произвести капитальный ремонт, предусмотренный договором или вызванный неотложной необходимостью, и взыскать с арендодателя стоимость ремонта или зачесть ее в счет арендной платы.

Как следует из вопроса, арендатор выполняет работы, связанные с капитальным ремонтом и реконструкцией арендованного помещения, с последующим зачетом своих затрат по этим капитальным вложениям в счет арендной платы.

В соответствии с п. 1 ст. 39 НК РФ реализацией товаров, работ или услуг организацией или индивидуальным предпринимателем признается соответственно передача на возмездной основе (в том числе обмен товарами, работами или услугами) права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, возмездное оказание услуг одним лицом другому лицу, а в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, - передача права собственности на товары, результатов выполненных работ одним лицом для другого лица, оказание услуг одним лицом другому лицу - на безвозмездной основе.

Учитывая вышеизложенное, погашение арендодателем затрат арендатора путем зачета в счет арендной платы произведенных работ по капитальному ремонту и реконструкции рассматривается у арендатора как возмездное оказание услуг (реализация).

При этом погашение арендодателем затрат арендатора может осуществляться в зависимости от условий заключенных договоров: путем зачета стоимости ремонта в счет арендной платы или возмещения расходов на ремонт.