Согласно подпункту 16 п. 3 ст. 149 НК РФ выполнение НИОКР за счет средств бюджетов, в том числе федерального, освобождено от обложения НДС. При этом данное освобождение распространяется как на основных исполнителей этих работ, так и на их соисполнителей.

В соответствии с Методическими рекомендациями по применению главы 21 «Налог на добавленную стоимость» Налогового кодекса Российской Федерации, утвержденными приказом МНС России от 20.12.2000 N БГ-3-03/447, основанием для освобождения НИОКР, выполняемых за счет федерального бюджета, является договор на выполнение работ с указанием источника финансирования, а также письменное уведомление заказчика, которому выделены средства непосредственно из федерального бюджета, в адрес исполнителей и соисполнителей о выделенных ему целевых бюджетных средствах для оплаты вышеуказанных работ.