Согласно подпункту 2 п. 1 ст. 162 НК РФ в налоговую базу по НДС включаются суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг). В связи с этим суммы штрафов, полученные за неисполнение или ненадлежащее исполнение договоров, предусматривающих поставку товаров (выполнение работ, оказание услуг), облагаемых НДС, включаются в налоговую базу для исчисления этого налога.

В соответствии с п. 19 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по НДС, утвержденных постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914, при получении денежных средств, связанных с оплатой товаров (работ, услуг), в том числе штрафных санкций за нарушение условий хозяйственных договоров, счета-фактуры выписываются в одном экземпляре и регистрируются в книге продаж.

Что касается вычета налогоплательщиком, перечисляющим штрафные санкции, НДС, уплаченного поставщиком товаров (работ, услуг) с суммы штрафов, то действующим законодательством по НДС такой вычет не предусмотрен.