Согласно подпункту 1 п. 2 ст. 149 НК РФ от обложения НДС освобождается реализация на территории Российской Федерации важнейшей и жизненно необходимой медицинской техники отечественного и зарубежного производства по перечню, утвержденному постановлением Правительства РФ 17.01.2002 N 19, куда включена медицинская техника отечественного и зарубежного производства, имеющая регистрационное удостоверение, выданное в установленном Минздравом России (в настоящее время - Минздравсоцразвития России) порядке.

На основании п. 5 ст. 164 НК РФ при реализации товаров на территории Российской Федерации применяются те же размеры ставок НДС, что и при ввозе этих товаров на таможенную территорию Российской Федерации.

Учитывая вышеизложенное, а также то, что организация имеет удостоверение, свидетельствующее о совершении операций с медицинской техникой, освобождаемых от обложения НДС, при реализации на территории Российской Федерации таких товаров данный налог не применяется.

Что касается медицинской продукции, которая относится в настоящее время к медицинской технике, но по которой при ввозе на таможенную территорию Российской Федерации был уплачен НДС, то фактически уплаченные данные суммы налога учитываются в стоимости товаров на основании подпункта 1 п. 2 ст. 170 НК РФ.