Согласно п. 2 ст. 310 НК РФ исчисление и удержание суммы налога с доходов иностранных организаций не производится налоговым агентом в случае выплаты нерезиденту доходов, которые в соответствии с международными договорами (соглашениями) не облагаются налогом в Российской Федерации, при условии предъявления иностранной организацией налоговому агенту подтверждения постоянного местонахождения в иностранном государстве.

Однако предъявлять подтверждение, предусмотренное п. 1 ст. 312 НК РФ, должна иностранная компания, которой организация, о которой идет речь в вопросе, начисляет и выплачивает доходы. Подтверждение, предоставленное холдингом, в который входит контрагент российской организации, основанием для неудержания налога, удерживаемого у источника выплаты доходов, не является.