Как следует из ситуации, иностранная компания имеет филиал в г. Москве. Филиал оказывает услуги российским организациям по договорам по месту нахождения российских организаций в других субъектах Российской Федерации. Иностранная компания зарегистрирована в налоговых органах по месту осуществления этой деятельности.

В соответствии с п. 1 ст. 289 НК РФ налогоплательщики обязаны по истечении каждого отчетного и налогового периода представлять в налоговые органы по месту нахождения каждого обособленного подразделения налоговые декларации независимо от наличия у них обязанности по уплате налога и (или) авансовых платежей по налогу, особенностей исчисления и уплаты налога. Налоговая декларация представляется в налоговые органы всеми иностранными организациями, имеющими отделения в Российской Федерации, независимо от того, привела их деятельность к образованию постоянного представительства или нет.

Согласно ст. 307 НК РФ если иностранная организация осуществляет деятельность через отделения в рамках единого технологического процесса (или в других аналогичных случаях по согласованию с ФНС России), то она имеет право рассчитывать налогооблагаемую прибыль, относящуюся к ее деятельности через отделение на территории Российской Федерации, в целом по группе таких отделений.

Согласно п. 4 ст. 307 НК РФ иностранная компания не может рассчитывать в вышеприведенной ситуации налогооблагаемую прибыль, относящуюся к ее деятельности через отделения на территории Российской Федерации, в целом по деятельности всех отделений, поскольку ее деятельность на территории Российской Федерации в рамках единого технологического процесса не осуществляется. Поэтому данная иностранная компания должна рассчитывать налогооблагаемую прибыль в соответствии с нормами ст. 289 НК РФ.